
Ambalan Yos Sudarso dan Kartini
Ekstrakurikuler ini bertujuan untuk membina siswa dalam mendalami peran manusia yang berkepribadian dan berwatak luhur serta tinggi mental, moral, dan budi pekerti; manusia yang tinggi kecerdasan dan keterampilannya; manusia yang kuat dan sehat fisiknya; menjadi warga negara Indonesia yang berjiwa Pancasila, setia dan patuh kepada...

Scout For Fun (Pendidikan Kepramukaan)
Scout for Fun merupakan kegiatan ekstrakurikuler yang wajib diikuti oleh siswa kelas X dan XI. Ekstrakurikuler ini bertujuan untuk membina siswa dalam mencapai potensi-potensi spiritual, sosial, intelektual, dan fisik, yaitu membentuk kepribadian dan akhlak mulia; menanaman semangat kebangsaan, cinta tanah air, dan bela negara; meningkatkan...

D’All Star Padmanaba (DAP)
DAP merupakan ekstrakurikuler cheerleader SMAN 3 Yogyakarta. Ekstrakurikuler ini sebagai sarana bagi siswa untuk mengasah bakat dan kompetensi dalam bidang cheerleader serta sarana pengembangan barometer cheerleading di lingkup sekolah.

Orkestra Padmanaba (Padchestra)
Padzchestra merupakan ekstrakurikuler SMAN 3 Yogyakarta yang bertujuan memberikan sarana bagi siswa untuk meningkatkan skill bermusik maupun pengetahuan bermusik, menciptakan, serta menampilkan karya-karya musik yang berkualitas, kreatif, dan inovatif. Berbagai event besar telah diselenggarakan Padzchestra seperti Grand Concert yang diselenggarakan rutin setiap tahun.

Tenis Meja
Ekstrakurikuler ini bertujuan untuk memberikan wadah bagi siswa dalam menyalurkan minat dan potensi dalam bermain tenis meja dan menanamkan semangat solidaritas.
Seni Tari
Ekstrakulikuler Seni Tari SMAN 3 Yogyakarta merupakan ekstrakurikuler untuk memfasilitasi bakat-bakat tari. Dengan potensi yang dimiliki serta nilai karakter percaya diri, disiplin, dan konsistensi banyak prestasi yang telah diraih anggotanya. Hal ini merupakan wujud cinta tanah air dengan memelihara tradisi dan kebudayaan Indonesia.
Teater Jubah Macan
Jubah Macan merupakan ekstrakurikuler teaternya SMAN 3 Yogyakarta yang didirikan sejak tahun 1990 dan mulai diresmikan oleh sekolah setelah hadirnya pempimbing yaitu Bapak Sugeng Prihatin tahun 1994. Penamaan “Jubah Macan” pada awalnya tidak disengaja saat gayeng-gayengan, namun akhirnya menghasilkan akronim wangun yang berarti jujur, bahagia, manis, dan cantik. Sampai saat ini, teater...
Robotik
Ekstrakulikuler SMAN 3 Yogyakarta yang bergerak di bidang robotik ini didirikan sejak masuknya ilmu komputer di SMAN 3 Yogyakarta. Menjadi anggota ekstrakulikuler Robotik Padmanaba tidak dituntut harus memiliki keahlian sejak awal. Aktivitas rutin yang dilaksanakan oleh anggota-anggotanya membuat robot-robot yang inovatif dan membuat progam yang dapat mengendalikan robot. Dengan mengikuti...
Paspad/ Paduan Suara
Paspad atau Paduan Suara Padmanaba merupakan ekstrakulikuler yang bergerak di bidang seni suara. Paspad sering mengisi berbagai event yang diadakan SMAN 3 Yogyakarta dan menampilkan penampilan terbaiknya di acara-acara luar sekolah. Setiap tahunnya Paspad juga berpartisipasi dalam berbagai lomba, salah satunya FLSSN baik secara solo maupun vocal group.
PHC (Padmanaba Hiking Club) /Pecinta Alam
Padmanaba Hiking Club yang lebih sering disebut PHC merupakan ekstrakulikuler pecinta alam SMAN 3 Yogyakarta. PHC didirikan pada tanggal 27 Juli 1971. Ekstrakulikuler ini sering mengadakan acara di luar sekolah seperti mendaki gunung (hiking), caving, susur pantai, susur goa, dan masih banyak lagi dengan tujuan melatih mentalitas yang berkarakter dan...