Mars Kebesaran Padmanaba

Kita putra-putri SMA 3 Yogyakarta

Yang slalu bersuka cita dan bergembira

Kawanku, marilah, berseru bersama

Memuji, meninggikan nama sekolah kita

Hiduplah hidup sekolahku,

hidup guru putra-putrimu

Yang se-iya berjuang maju,

bertenaga berjiwa satu

Di barisan kita seksama,

berbudi satria dan perwira

Bersiap dan sedia, kan berjuang bersama

Bagi nusa dan bangsa

Kita yang bersemangat satria,

putra nusantara sejati

Insyaf akan semboyan pemuda

Kan memikul masyarakat nanti

Wahai tinggi sekolah kita

Yang bergelarkan Padmanaba

Mari handai taulanku, berserulah semua

Hidup sekolah kita